近年來食安問題頻傳，基因改造食品的安全也成為爭議的焦點之一。基因改造食品的原料為基因改造生物（genetically modified organisms, GMO），而基因改造生物是利用現代基因工程技術改變遺傳物質的生物。基因（gene）是攜帶遺傳訊息的遺傳物質，決定生物之特質，例如植物花色、高度及動物產仔數或產乳量等。將甲生物某個基因用現代基因工程技術轉殖入乙生物，乙生物獲得甲生物該基因的遺傳特性，成為基因改造生物。基因改造食品就是以基因改造生物所製造、加工、調配之食品，依原料來源可分為基因改造微生物食品、基因改造植物食品及基因改造動物食品等三大類。
目前獲准上市的基因改造微生物食品皆為發酵菌元，包括製造麵包、葡萄酒、啤酒及清酒用的酵母菌發酵菌元，以及製造白脫酸乳 (buttermilk) 用之乳酸菌發酵菌元。基因改造植物食品是現今發展最成功的基因改造食品，研發及上市的作物種類也多，其中黃豆、玉米、油菜、棉花為國際上大量生產販售之四大基因改造作物，2013年之種植面積已達1.75億公頃，大豆、玉米、棉花、油菜各佔全球基改作物面積的49%、33%、14%、5%。2013年六大生產基因改造作物國家分別為：
1.美國7010萬公頃 (主要為玉米、黃豆、棉花、油菜，另有小量種植之甜菜、紫苜蓿、木瓜、南瓜、馬鈴薯)
2.巴西4030萬公頃（種植黃豆、玉米、棉花）
3.阿根廷2440萬公頃（種植黃豆、玉米、棉花）
4.印度1100萬公頃（種植棉花）
5加拿大1080 萬公頃（主要為油菜，另有玉米、黃豆、甜菜）
6.大陸420萬公頃（主要為棉花，另有木瓜、番茄、甜椒）
美國AquaBounty Technologies公司研發之基因改造大西洋鮭 (Atlantic salmon) 是最接近上市之基因改造動物食品，基改後鮭魚之長度、重量為基改前同齡鮭魚之二至三倍，可大幅縮減養殖之時間及成本。加拿大環境部已批准基因改造鮭魚魚卵之商業化生產，而美國食品藥物管理局 (FDA) 正針對是否核准基改鮭魚上市作最後考量，如核准將成為市面上首見的基改動物食品。
我國是以「食品安全衛生管理法」管理基因改造食品，衛生福利部食品藥物管理署下設基因改造食品審議小組 (原基因改造食品諮議會)，全部由政府單位以外各領域專家組成，涵括分子生物、農藝學、農業化學、毒理學、免疫學、營養學、生物化學、生物統計、微生物學、醫學、藥學、生物技術及食品科學等，負責審議基因改造食品之安全性，審查基準為基因改造食品安全性評估方法。
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