有機水產養殖如同「有機農業」一樣，需有一套規範來認定何謂「有機水產養殖」(organic aquaculture)，或相關有機水產品如「有機魚」、「有機蝦」等之驗證標準。然而由於我國漁政機關目前僅針對有機藻類（水產植物）訂立有機生產標準，其餘的有機水產品如有機魚、蝦的標準尚闕如。審視國內外有機水產品的發展已如火如荼的開展，台灣身為全球水產界的重要成員，實不宜在有機水產的趨勢中缺席。

所謂「有機產品」，必須是根據有機標準生產、且通過合法驗證機構的驗證者。為了對環境友善，有機農業的做法是讓有機食品的經營者、加工者及零售者採用儘量減少對空氣、土壤和水造成污染的方法、遵守標準並維持有機農業產品的完整性。其首要目標是活化土壤的生命、維持植物、動物和人相互依存的健康生態群落和提升生產力。基本上，是儘量減少加入非天然的物質，避免使用化學肥料和殺蟲劑，但不能保證產品完全沒有殘留。而有機畜禽之生產，應以不影響自然生態平衡的方式進行，並對有機農業系統發揮下列重要作用：1.改善並維護土壤肥力。2.適度的放牧，以維護植物群落及生態。3.維持牧場內環境生物多樣性，並促進彼此間的互補關係。4.增加農業生產系統的多樣性等重要的作用。

畜禽飼養應依畜禽自然行為，提供接觸土地、陽光及新鮮空氣等必要之生產條件，給予畜禽足量之有機生產作物及飼料；因此，畜禽飼養數量應考量飼料產能、畜禽對我國農業環境之適應性與環境影響、營養平衡及畜禽健康等因素。根據「有機農產品及有機農產加工品驗證基準」，基本管理方式是：1.自然配種。2.維護動物健康與福祉。3.減少緊迫。4.重視生物安全。5.非經獸醫師處方，不得使用對抗療法之化學合成藥品及抗生素。有機畜產品必須建立在有機農產的基礎上，我國有機畜產品相關規範的建立，自民國96年1月29日「農產品生產及驗證管理法」公布後，其相關子法，如：〈有機農產品及有機農產加工品驗證管理辦法〉、〈有機農產品及有機農產加工品驗證基準〉及〈有機農產品及有機農產加工品類別及品項一覽表〉等，均已陸續完成公告，依據我國相關法令的規定，有機畜產品涵括於廣義的「有機農產品」內。以有機名義販賣之畜產品、畜產加工品，均必須依據「農產品生產及驗證管理法」管理及查處。在國內生產、加工、分裝或流通的有機畜產品，其生產過程必須通過有機驗證，才能以有機名義販賣，而且是由行政院農業委員會認證通過的驗證機構所驗證通過的國產品，才能使用CAS台灣有機農產品標章。目前依規定取得農委會認證的有機畜產品驗證機構，僅中央畜產會一家。